Пока Усама бен Ладен остается в тени, аз-Завахири активно стремится к захвату оперативного контроля.
Внутри "Аль-Каиды" считают, что аз-Завахири становится слишком влиятельной фигурой и одержим идеей свержения президента Пакистана Первеза Мушаррафа.
По словам участников движения "Талибан" Омара Фаруки и Хемата Хана, именно аз-Завахири стоит за серией нападений, осуществленных в ответ на операцию пакистанской армии по освобождению Красной мечети в Исламабаде, когда погибло более 150 человек. Фракция противников аз-Завахири в "Аль- Каиде" опасается, что его действия могут поставить под угрозу безопасное убежище, которое организация создала в регионах Пакистана Вазиристане и Баджауре.
Как подтвердил высокопоставленный представитель США, участвующий в разработке контртеррористической политики, в "Аль-Каиде" действительно есть трения между египетской и ливийской фракциями, а также между саудовскими и среднеазиатскими участниками.
По словам эксперта ВМС по вопросам разведки Джона Аркилла, "идет серьезный стратегический спор о том, следует ли сосредоточить внимание на свержении правительства Пакистана, поскольку это даст контроль над ядерными возможностями".