Только, как всегда, не хватило денег. Когда в 1859 году закончили сбор средств на постройку храма (собрали почти 100 тысяч рублей, все сбрасывались, кто сколько сможет, а Киево-Печерская лавра, например, пожертвовала миллион кирпичиков), их увы оказалось недостаточно для колоссального проекта архитектора Ивана Штрома с тринадцатью куполами. Пришлось проект немного урезать — до семи куполов.
В советское время в соборе открыли филиал Музея религии и культов. В экспозиции была даже одежда шаманов — сотрудники музея и этнологи тогда ездили по многим странам, добирались и до Алтая, где и "приобрели" шаманское одеяние.
Сейчас купола храма покрыты позолотой — центральный большой купол весь золотой, а на остальных написаны золотистые звезды на синем фоне. Именно так собор выглядел еще на чертежах, но в советское время купола Владимирского собора покрывались краской и медным листом.