По словам Карзая, если боевики переходят афганскую границу и убивают афганцев, то его страна имеет право на самооборону.
Президент Афганистана призвал Исламабад и международные силы принять меры против боевиков в Пакистане.
Пакистанские власти заявляют, что не предоставляют убежища талибам или другим экстремистам.
Между тем продолжаются поиски сотен боевиков, бежавших из тюрьмы в Кандагаре.
В пятницу талибы совершили нападение на главную тюрьму провинции, освободив находившихся в ней заключенных.
По словам афганских чиновников, нападение началось с того, что у главных ворот тюремного комплекса был взорван грузовик с взрывчаткой, за рулем которого сидел смертник.
Один из очевидцев сказал, что взрыв был такой силы, что взрывной волной выбило стекла в домах за три километра от тюрьмы.
По данным местных властей, на свободе оказались около 900 заключенных, включая примерно 350 талибов. В тюрьме содержались как боевики, так и обычные уголовники.
В воскресенье командование американского контингента в Афганистане сообщило, что в ходе поиска сбежавших на юге страны были убиты по меньшей мере 15 повстанцев.
Однако американские представители пока не могут подтвердить, что убитые входили в число тех, кто сбежал из тюрьмы.