В ходе судебного процесса, который длился три года, прокурор требовал для подсудимого наказания в виде четырех лет лишения свободы. Однако суд счел обвинение в мошенничестве, которое также выдвигалось против ученого, недоказанным.
В 2005 году на внеочередном заседании с участием премьер-министра Ли Хэ Чхана после заявления бывшего коллеги Хвана У Сука о том, что последний сфальсифицировал результаты опытов, было принято решение проверить достоверность этой информации.
Для этого 16 декабря 2005 года была создана научная группа Сеульского Национального Университета из девяти человек с привлечением двоих ученых из других вузов страны, которая провела независимое расследование.
По результатам исследований выяснилось, что Хван У Сук действительно сфальсифицировал результаты по меньшей мере девяти из 11 исследований о стволовых клетках человека, которые, как он заявлял, ему удалось вывести.
Доктор Хван У Сук был лишен всех университетских и научных званий и степеней.
В 2006 году прокуратура Южной Кореи возбудила уголовное дело по обвинению в мошенничестве и нецелевом использовании средств, так как проводимые Хваном исследования в области клонирования живых организмов поддерживались правительством, выделившим его коллективу 25 миллиардов вон (около 24,5 миллиона долларов).
После завершения заседания Хван У Сук и его адвокаты отказались давать какие-либо комментарии.