Наиболее вероятная причина крушения "Боинга 737-500" в Перми — отложенные дефекты, с которыми наземные службы выпустили самолет в рейс. Уже через несколько часов после трагедии чиновники, приступившие к расследованию обстоятельств авиакатастрофы, унесшей жизни 88 человек, выяснили, что самолет вылетел из "Шереметьево" с двумя отложенными дефектами — неисправностями, которые техники посчитали такими, которые не могут помешать экипажу благополучно осуществить полет. "Уже в воскресенье днем, через несколько часов после аварии, мы направили телеграмму всем российским авиаперевозчикам, в которой уведомили, что самолет был выпущен в Пермь с двумя отложенными дефектами — отключенным из-за большой "вилки" в рычагах управления автоматом тяги и не работающей системой, помогающей самолету разойтись со встречным в случае опасного сближения, — заявил "Сегодня" Сергей Самошин, советник руководителя Росавиации — Федерального агентства воздушного транспорта России. — Этой же телеграммой мы запретили всем им до особого указания эксплуатировать самолеты с неработающим автоматом тяги".
Автомат тяги — система, избавляющая пилота от необходимости регулировать режимы двигателей самолета вручную. Вместо человека, требуемое значение скорости самолета поддерживает бортовой компьютер. Не исключено, что именно эта неисправность и стала фатальной для рейса 821 — пилоты самолета могли в решающий момент просто забыть о неисправности автоматической системы, и потому допустить ошибку. Как известно, при заходе на посадку в аэропорту Перми почти готовый сесть самолет вместо того, чтобы продолжить снижение, по неизвестной пока причине вдруг начал набирать высоту. Возможно, пилоты начали поднимать самолет, не изменив режима двигателя, уже работавшего в малом режиме — режиме посадки. Они могли упустить из виду, что автомат тяги отключен и по привычке полагались на него. В итоге автомат не сработал, а на малом ходу двигатель не вытянул самолет — "Боинг" потерял скорость, завалился на борт и рухнул вниз.
Компания "Аэрофлот", еще в день катастрофы открестившаяся от осуществлявшей полет Москва — Пермь дочерней компании "Аэрофлот-Норд", свою вину в возможной неисправности самолета отрицает. "В компании "Аэрофлот" не бывает отложенных дефектов, — заявили "Сегодня" в пресс-службе авиакомпании. — Все самолеты "Аэрофлота" технически исправны". Межгосударственный авиационный комитет (МАК) отказался комментировать "Сегодня" любые версии крушения "Боинга" в Перми. Однако накануне МАК заявил, что на обоих самописцах, найденных на месте падения самолета, сохранились все записи, которые позволят воспроизвести картину трагического полета и выяснить его причины. МАК сообщил, что несмотря на повреждения лентопротяжных механизмов, специалистам удалось считать записи с обоих черных ящиков (один из них записывает речь, другой — параметры полета) и приступить к расшифровке считанной информации. Сергей Самошин объяснил "Сегодня", что на это может уйти три недели и больше.